Bacteriële Diagnostiek

Bloedkweken

Per septische periode kan volstaan worden met het afnemen van twee sets van twee bloedkweekflesjes (aëroob en anaëroob). Deze twee sets kunnen in dezelfde punctie worden afgenomen omdat het volume bloed belangrijker is dan het tijdstip van afname. Het blijft van belang de bloedkweken zo snel mogelijk af te nemen, dus voor de koortspiek, bij voorkeur tijdens de koude rilling of bij het stijgen van de temperatuur boven de 38,5°C. De afname geschiedt bij voorkeur door middel van een venapunctie en kan bij uitzondering via een intravasale lijn gebeuren.

Bij kinderen (< 4 jaar) kan de bloedkweekafname tot één PED-flesje beperkt blijven.

Iedere positieve uitslag wordt door de arts-microbioloog doorgebeld.

Feces

 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek *
 SSCY PCR: indien positief wordt er een kweek ingezet STEC PCR
 Salmonella species Clostridium difficile toxine PCR (bij PCR positieven ook toxine-antigeenbepaling)
 Shigella species Aeromonas
 Campylobacter species Parasieten: zie Parasitaire diagnostiek
 Yersinia enterocolitica Virus: zie Virusdiagnostiek

*Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens. Afhankelijk van de klinische gegevens wordt er naast banaal zonder specifieke aanvraag ook ingezet:

 Klinische gegevens Onderzoek
 Waterdunne diarree PCR parasieten
 Bloed, HUS, colitis STEC PCR
 Bloed, slijm, langdurig verblijf buitenland (> 10 dagen) Parasieten: zie Parasitaire diagnostiek
 Klinische patiënten met zichtbare vloeibare diarree en antibioticagebruik Clostridium difficile PCR, Noro PCR, Rota- en Adenosneltest en PCR
 Rijstwater-diarree Cholera
 Kleur geel Rota/Adeno-virus
 Voedselvergiftiging Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, Clostridium perfingens

Genitaal

 Cervix, Fluor vaginalis, vagina-uitstrijk 
 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Gardnerella vaginalis Neisseria gonorrhoeae
 Hemolytische streptokokken Trichomonas vaginalis
 Gisten Chlamydia trachomatis
 Indien overwegend aanwezig: overige micro-organismen Mycoplasma genitalium

 Klinische gegevens Onderzoek
Naast routinematig onderzoek wordt bij langdurig gebroken
vliezen/rondom de bevalling ook onderzoek verricht naar:
 Hemolytische streptokokken
 Listeria species
 Escherichia coli

 Penis 
 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Indien overwegend aanwezig: Enterobacteriaceae Neisseria gonoroeae
 Chlamydia trachomatis (urine/rectum**)
 Mycoplasma genitalium
 Trichomonas vaginalis

* Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens.
** indien Chlamydia trachomatis uit rectum positief is wordt vervolgonderzoek gedaan naar lymphogranuloma venereum (LGV).

Liquor

Materiaal persoonlijk afgeven bij loket medische microbiologie.
Buiten openingstijden aanvragend arts evt. contact opnemen met dienstdoende arts-microbioloog.

Afname in steriele liquorbuizen (plastic met groene opdruk)

 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Alle bacteriën en gisten Cryptokokken (kweek+antigeen)
 Tuberculose
 Virus PCR (icm. Borrelia)
 Pneumokokkenantigeen
 Borrelia PCR
 16s (bacterie sequence)
 LSU (large sub unit = schimmel sequence)

*Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens. Iedere positieve uitslag wordt door de arts-microbioloog doorgebeld naar de aanvragend arts.

Luchtwegen

Bovenste luchtwegen:

 Keel/neus 
 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Staphylococcus aureus Plaut Vincent
 Hemolytische Streptokokken Kinkhoest (Bordetella pertussis)(PCR)
 Candida species Difterie
 Virus PCR
 Gonorrhoea
 Bij kinderen < 12 jaar tevens:
 Moraxella catarrhalis
 Streptococcus pneumoniae
 Haemophilus influenzae
*op aanvraag of afhankelijk van klinische gegevens.

Diepere luchtwegen:

 Sputum, bronchiaal secreet 
 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Staphylococcus aureus Legionella
 Hemolytische streptokokken Mycobacteriën
 Streptococcus pneumoniae Kinkhoest
 Moraxella (Branhamella) catarrhalis Virus PCR
 Haemophilus species Mycoplasma
 Enterobacteriaceae Anaëroben
 Niet fermenterende Gram-negatieve staven (Peudomonas aeruginosa) Schimmels/gisten
 Schimmels en gisten
 Indien overwegend aanwezig:
 Coagulase negatieve staphylokokken
 Corynebacterium species
 Neisseria species
 Overige micro-organismen
*op aanvraag of afhankelijk van klinische gegevens.

 BAL (Broncho Alveolaire Lavage):

 BAL (Broncho Alveolaire Lavage) 
 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Staphylococcus aureus Kinkhoest
 Hemolytische streptokokken Mycoplasma
 Streptococcus pneumoniae Anaëroben
 Moraxella (Branhamella) catarrhalis Virus PCR
 Haemophilus species
 Enterobacteriaceae
 Niet fermenterende Gram-negatieve staven
 Schimmels en gisten
 Actinomyces species
 Coagulase negatieve staphylococcen
 Corynebacterium species
 Neisseria species
 Pneumocystis jiroveci
 Legionella
 Mycobacteriën
Respiratoire virussen
Atypisch pakket
*Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens.

MRSA

De Methicilline resistente Staphylococcus aureus (MRSA) is resistent tegen penicillines en cefalosporines en slechts nog gevoelig voor enkele antibiotica (o.a. vancomycine). Zie verder MRSA-protocol.

Pus, punctaten en weefsels

Voor alle onderzoeken geldt: Bij voorkeur direct materiaal opzuigen met spuitje, naald verwijderen en afsluiten met steriel kapje. Weefsel in steriel fysiologisch zout. Indien niet mogelijk eSwab gebruiken. (Behalve aanvraag Helicobacter pylori, biopt afnemen in Helicobactermedium):

 Routinematig onderzoek Aanvullend onderzoek*
 Staphylococcus aureus Legionella
 Streptokokken species Mycobacteriën
 Streptococcus pneumoniae Virus PCR
 Haemophilus species Nocardia
 Enterobacteriaceae Kattenkrab (Bartonella)
 Niet fermenterende Gram-negatieve staven Anaëroben
 Schimmels en gisten Actinomyces species
 Anaëroben Helicobacter pylori
 Borrelia PCR

*Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens.
N.B. Bij steriele punctaten ook 16S (bacterie sequence) en LSU (schimmel sequence) mogelijk als aanvullend onderzoek. Als in het Grampreparaat veel leuco’s zitten, maar de uitslag van de kweek is ‘geen groei’, wordt sequence routinematig uitgevoerd.
N.B. Voor onderzoek oogvocht geldt:
– Afgeven medische microbiologie en in verband met beperkt volume, graag prioriteit van de aangevraagde onderzoeken aangeven
– Bij oogvocht altijd een buis stolbloed meesturen

Tuberculose

Bij opname van een patiënt met verdenking op longtuberculose moeten isolatiemaatregelen worden genomen totdat de resultaten van de kleuring op zuurvaste staven van het sputum bekend zijn. Hiervoor wordt een auraminekleuring uitgevoerd. Een positief preparaat wordt door de arts-microbioloog doorgebeld.

Bij vloeibare materialen geldt dat de kans op een positief resultaat toeneemt met de hoeveelheid onderzocht materiaal. Een kweek blijft 10 weken instaan. Een positief kweekresultaat wordt direct telefonisch doorgegeven door de arts-microbioloog aan de aanvragend arts. De uitslag van de gevoeligheidsbepaling en determinatie volgt ongeveer een maand later.

 Materiaal Frequentie van insturen bij sterke verdenking Opmerkingen
 Sputum 3x op achtereenvolgende dagen Ochtendsputum
 Urine 3x op achtereenvolgende dagen Ochtendurine
 Liquor N.v.t. Zoveel mogelijk
 Bloedkweek
Beenmerg
 Bij verdenking miliaire tuberculose  Afnemen in BACTECtm MYCO/FLYTEC flesje
 Nuchtere maaginhoud Bij geen sputumproductie
 Overige Zoveel mogelijk in container of spuitje

Bij iedere aanvraag tuberculose wordt kweek en PCR Mycobacterium tuberculosis complex uitgevoerd.

PCR Mycobacterium tuberculosis complex:

Dagelijks (op werkdagen) wordt  PCR Mycobacteriën verricht door derden t.w.:

  • Na een eerste positieve preparaat
  • Na een eerste positieve kweek
  • Bij bijzondere patiëntenmaterialen
  • Na overleg met de arts-microbioloog

Urine

Vermelding van antibioticumverbruik is belangrijk voor een correcte diagnostiek van urineweginfecties. Indien urine langdurig onderweg is moet de urine onder gekoelde omstandigheden worden bewaard zodat geen vermeerdering van het aantal micro-organismen optreedt, wat kan leiden tot een foutpositief resultaat.

Materiaal: Bij voorkeur gewassen middenportie urine.

Het opvangen van een midden portie kan thuis het beste geschieden in een huishoudelijk schone, uitgekookte glazen pot. Van hieruit kan de urinecontainer worden gevuld.

Bij mannen:

  • Voorhuid terugschuiven  en met een gaasje met water (evt. toiletpapier) de eikel en de urethramond schoonvegen.
  • Eerste portie urine in toilet lozen.
  • Even ophouden.
  • Tweede portie in glazen pot opvangen.
  • Blaas verder in toilet ledigen.
  • Urine overgieten in urinecontainer.

Bij vrouwen

  • Achterstevoren op het toilet zitten.
  • Schaamlippen met de ene hand spreiden, met de andere hand met een gaasje met water (evt. toiletpapier) de urethramond eenmaal van voor naar achteren schoonvegen.
  • Eerste portie urine in toilet ledigen.
  • Tweede portie glazen pot opvangen.
  • Blaas verder in toilet ledigen.

 Routinematig onderzoek op Aanvullend onderzoek*
 Gramnegatieve staven Schistosoma
 Staphylococcus aureus Mycobacteriën
 Staphylococcus saprophyticus CMV
 Staphylococcus epidermidis Legionella-antigeen type 1
 Hemolytische streptokokken Pneumokokkenantigeen
 Enterococcus species Chlamydia/GO PCR
 Aerococcus species
 Gistcellen
 Reincultuur overige m.o.
*Op aanvraag of afhankelijk van de klinische gegevens.